防治番茄根结线虫病，首先应控制住保护地的病源发生，减少大田初次侵染来源。其次要采取以农业防治为主，药剂防治为辅的综合防治措施。其技术有：
1.农业防治
（1）选用无病土壤育苗施用腐熟的无病原线虫的有机底肥，挑选健壮且无病苗定植，这些操作可起到较好的预防作用。
（2）彻底清除病根残体收获后及时清除病株、病根残体，注意将病根晒干后集中烧毁。
（3）深翻土壤将表土翻至20cm以下深度，可把大量活动在土壤表层的线虫翻到底层下，减轻病害的发生。
（4）轮作重病田内与禾本科作物进行2～3年轮作；也可与抗线虫蔬菜如石刁柏和耐线虫蔬菜如葱、蒜、韭菜等轮作，它们对番茄线虫有较强的抗性，种植这些植物，可有效地防止或减轻线虫病的发生，降低土壤中的线虫量，从而减轻对后茬植物的危害。
（5）利用高温杀灭线虫棚室可在休闲季节利用夏季高温，在盛夏挖沟起垄，沟内灌满水，然后盖地膜密闭棚室2周，使30cm内土层温度达摄氏54℃，保持40分钟以上，则线虫即死。
（6）冷冻处理：在发病十分严重的温室，于11月20日前后灌上一茬冻水，不扣棚覆膜，经2个月左右的土壤结冰冷冻，可控制根结线虫的危害。
2.药剂防治在药剂防治中，应保证药剂集中于5～30cm深处，以提高防治效果。
（1）土壤处理可在播种或定植前15天，选用10%力满库、10%克线磷、50%益舒宁、3%米乐尔等颗粒剂，拌均匀，撒施后再耕翻入土，每亩用药量3～5公斤。也可采用条施或沟施，如在定植行中间开沟，每亩施入上述药剂2～3.5公斤，然后覆土踏实，形成药带。如果利用穴施法，则每亩用上述药剂1～2公斤，施药后应注意拌土，以防植株根部与药剂直接接触。在日光温室休闲季节，每亩施入生石灰60～70公斤，连续保水20天左右，可收到较好的防治效果。
（2）药剂灌根定植后，在棚室内植株局部受害，可用50%辛硫磷乳油1500倍，或80%敌敌畏乳油1000倍液，或90%敌百虫晶体800倍液灌根，每株灌药液0.25～0.5公斤，以熏杀土壤中的根结线虫。
