黑点病发病初期，果实萼洼周围出现针状小黑点，黑点直径逐渐扩大，通常如芝麻粒大，有的在黑点上带有一小白点。病斑只发生在果实表皮，不会引起果肉溃烂。目前关于黑点病的发生有以下几种原因。
原因一：药害所致
在果实套袋前最后一遍药使用不当，可造成小黑点。导致小黑点的药剂有四大类，分别是硫磺、铜制剂、代森锰锌类和福美类。因此，苹果套袋前不能使用上述四类农药。
原因二：套袋前使用乳油类或颗粒粗、悬浮率差的药剂可加重黑点病
苹果谢花后到套袋前，幼果绒毛刚脱落不久，皮孔敞开尚未愈合。若使用乳油类或颗粒粗、悬浮率差的刺激性强的杀菌剂、杀虫剂或杀螨剂，都会刺激引起皮孔细胞死亡堵塞而发生黑点病。所以谢花后到套袋前提倡使用粉剂或水剂型杀菌、杀虫和杀螨剂，而且颗粒要细，悬浮率要好。
原因三：镰孢霉菌、粉红聚端孢霉菌可能引发黑点病
属半知菌亚门的弱寄生菌，与斑点落叶病病菌属一类，也是苹果霉心病的致病菌。这些菌一般不侵染果面，但套袋后果实处在湿度大、透气差、温度高的环境下，易引起病菌侵染发病形成小黑点。而且越是连阴天气、地势低洼、高温高湿、树势较旺、树冠郁闭、施氮肥过多的套袋果园越容易发病。所以防治黑点病，除改善果园风光等条件外，将病菌在苹果套袋前杀灭是关键的药剂防治措施。
原因四：康氏粉蚧可能引发黑点病
套袋后康氏粉蚧多聚集在萼洼处刺吸果实汁液，造成小黑点，而且多覆有白色蜡粉。所以套袋前应喷药杀灭康氏粉蚧。
原因五：缺钙、缺硼可能引发黑点病
缺钙、缺硼在套袋苹果果面上容易出现黑点病，所以在苹果套袋前通过叶片喷施钙和硼，能有效减轻黑点病的发生。
