肥料表施到土壤里供作物吸收，其利用率一般不高，如水稻对氮肥的利用率为50%左右，对磷肥的利用率为20％～30％。若将肥料施至耕作层深处，则容易被作物慢慢吸收，能大大提高肥料的利用率，减少肥分的损失。稻田深层施肥的方式有以下四种：
耕田深施这是深层施作基肥的一种方式，做法是在耕田前将田水排至近干，然后将肥料均匀撒布在田面上，再进行犁翻与耙平，随后插秧播种。
面层深施这是深层施作基肥的另一种方式，做法是在插秧前最后一次犁翻后，将肥料撒布在田面上，然后耙田后插秧。
球肥深施这是追肥的一种方式，做法是将肥料与肥泥和水按一定的比例制成球肥，每个重约100克左右，追肥时将一个球肥塞入每4棵禾苗中间，深度7～10厘米。
液体深施这是追肥的另一种方式，做法是将化肥或农家肥用水配制成肥液，然后用施肥器施入土壤中，深约10厘米为宜。水稻深层施肥的方式主要有以上几种，其中以球肥深施的效果为最好，深层施肥以追肥为好。
