随着科学技术的进步，园艺产业规模化、产业化迅速发展，穴盘育苗已成为现代育苗的主要发展方向之一。容器育苗是利用各种材料制成的不同容器装入配制的营养土（基质）进行育苗。国外容器育苗是在20世纪50年代中期开始的，20世纪60年代美国最先研究成功了穴盘育苗技术。
三色堇种子每克在700－800粒左右。采用保护地栽培，一般播种时间7月－10月。播种宜采用较为疏松的人工介质，可采用床播、箱播，有条件的可穴盘育苗，介质要求ph值为5.5－5.8，ec值为0.5－0.75，经消毒处理，播种后保持介质温度18－22℃，避光遮荫，5－7天陆续出苗。
第一阶段：
5－7天胚根展出，播种后必须始终保持介质湿润，需覆盖粗蛭石或垄糠灰，覆盖以不见种子为度。播种后必须加盖双层遮荫网，一方面保证土壤湿润，另一方面因种子发芽后，直接见光，容易造成根系生长不良。此阶段不需要施肥。
三色堇种子发芽经常会很不整齐，前后可相差一周时间出苗，在这段时间内充分保持土壤介质的湿润相当重要，管理不当很容易影响种子的发芽。为确保元旦用花，播种时间一般控制在7－8月间，此时为夏季高温季节，若不采取一定的降温措施，会严重影响种子发芽和幼苗的生长，杭州地区一般选择采用发芽室或人工控制降温或选择半阴半阳地点或高山育苗，当然也可直接向种苗生产单位购苗。
第二阶段：
第一片真叶出现（10－15天），此阶段土壤适宜温度为17－24℃，促进幼苗生长。真叶长出两片后，可开始施以淡肥，早期喷施尿素浓度控制在0.1％以下或20-10-20的水溶性肥料浓度控制在50ppmn。此阶段仍为夏季高温季节，应注意病虫防治和通风，防病应做到以防为主，定期喷药（百菌清或甲基托布津800－1000倍），以防止苗期猝倒病。
第三阶段：
成苗期，小苗生长迅速，床播的可先移植一次，移至穴苗盘或苗床均可。植株可充分见光，若气温超过35℃以上，只需在中午太阳直射时，稍加以遮荫以降温。水肥管理，除了追施尿素与20－10－20水溶性肥料外，可适当增加复合肥（浓度控制在0.1％左右）或者14-0-14的水溶性肥料（浓度100ppmn）。肥料浓度不可过高，以免造成肥害。浇水前可先让土壤干透，但要保证植株叶片不出现萎蔫为度。此阶段仍应做好通风工作，防治病害发生。
第四阶段：
根系已完好形成，有5－6片真叶，温度、湿度要求同第三阶段，适当控制水分，可以增加复合肥或14-0-14的水溶性肥料的使用次数，加强通风，经过炼苗阶段，准备移栽上盆。三色堇生长需要较高的硼。缺硼时，新叶呈杯状而且有皱褶，植株弱小，苗期缺硼的情形尤其严重。解决此问题的方法是每周一次在正常浇水时用肥料机在水中加2ppmn的硼来缓解缺硼问题。
移植/上盆：
穴盘育苗的，有5－6片真叶时，即可移植上盆；床播的，也可在2－3片真叶时，移植一次，移至穴盘或苗床上均可，待苗长至6－7片真叶时直接上盆。根据冬季草花规模化生产规格要求，一般采用10×12cm的营养钵上盆，可一次到位，不用再进行换盆。穴盘苗根系移植损坏少，容易成活；敞开式育苗，移植时间选择在傍晚或阴天进行，以提高成活率。盆栽土壤要求疏松、肥沃。
定植后的管理：
1、光照
7-9月育苗期应注意避免正午太阳直射。在小苗上盆后，应给予全光照的环境条件；光照不足，营养生长旺盛，对开花不利。
2、温度
生长要求温度相对偏低，发芽适温18℃-22℃，生长适温为12℃-18℃。要满足元旦供花，首先需解决小苗生长期间的降温问题。必须注意经常通风，否则容易引起徒长和病害。
