研究认为：应根据辣椒的生育特性与所处生态环境及病虫发生发展规律，灵活掌握运用农药品种、时间、浓度和方法，才能达到防治高效经济，确保辣椒高产丰收。
保护地内温湿度可以人为控制，封闭后又便于高温或烟雾熏蒸灭菌杀虫，防病治虫十分便利，效果亦佳。但必须按照辣椒的生物学特性和当时的生态环境，辣椒整枝打杈注意事项中提到灵活掌握用药品种、时间、浓度和方法，才能达到既控制病虫害，省药，又使辣椒产量达到最高的目的。
一、按植株代谢规律喷药
辣椒的代谢规律需一定的温度配合，才能按时完成。全天光合产物的70％是上午合成的，须配合较高温度（25-30℃），下午光合作用速度下降，养分在输送运转，要求温度与体内消耗均适当降低，比上午低5℃为宜，夜间株体也不全是休息，前半夜光合产物将全部转到根基部，重新分配到茎生长点和果实，运送养分须配合适中的温度（18℃左右），如果运送不顺利，光合产物停留在叶子上，叶子便会过于肥大，果实产量下降；后半夜株体才休息，生理活动是呼吸，这是一个消耗养分的过程，温度宜低些，养分消耗减少，利于提高产量，如辣椒开花期为12℃，结果期为6~10℃，则佳。
药物对作物劳作（光合作用及养营运输）有抑制和破坏作用，所以在晴天中午光合作用旺盛期和前半夜营养运输旺盛期尽可能少用药或不用药，特别是辣椒要谨慎用药。
二、按发病规律用药
施药前要诊准某种病或可能发生的病害，勿将非侵染性病害误为侵染性病害，勿将生理性病害当作非生理性病害去防治。如温室辣椒若前半夜温度过低，在中下部光合作用旺盛的叶片上，因“仓库”爆满光合产物不能运走，而使叶片增厚老化，出现生理障碍，叶片上出现圆形凹凸点，用药无济于事。
再如生长点萎缩，中部叶缘发黄是缺水引起的非侵染性生理症，与细菌、真菌、病毒无关，用药自然无效。治虫时，先把为害辣椒的某种主要害虫认定，然后选择专一性配广谱杀虫剂，进行有对象的综合防治，切勿图省事，将不能混用的农药胡乱配合，勿用杀虫剂去治病；勿用防病药去灭虫。
细菌性病害发病环境是高湿低温，有病原菌；真菌性病害发病环境是高湿适温（15~21℃），有病原菌；病毒病是在高温干旱环境，多由蚜虫传病毒才发病。人为地控制一二个发病条件均可减轻和防止病害发生。无发病条件，作物有类似症状应考虑其他生理障碍因素。所以，施药前必须辨清病虫的特征和农药的防治对象、性质，做到对症下药。
三、按作物生长规律用药
种子均为植株衰老时成熟采收，一般易带菌原，下种时宜用热水烫种拌药消毒。幼苗期高湿高温系染病环境，加之保护地内连年种辣椒，室内土壤杂菌多，播前必须进行消毒。早春定植后多因温低湿大以防治细菌性病害为主；中后期通风不良湿大温适，以防治真菌性病害为主；夏季育苗或延秋栽培多因高温干旱，以防治病毒病为主，防治病毒病以治虫为主。
四、按药效适量用药
防病农药多是保护性药剂，要提前使用，以防为主，中国农业网工作人员介绍说要在病害发病前或刚刚发病时施药。灭虫农药在扣棚后定植前或沤制粪肥期施用，以消灭保护地内的地下害虫。辣椒生长期用毒性较大的杀虫剂易造成药害，毒性小且用量少效果差，要掌握适中。地上部害虫在羽化期和着果前使用，大龄害虫抗药性强，也有一定的回避能力，防效差，如钻心虫施药过晚，虫已钻入果实，很难消灭。
配药前先看准农药有效期，新出厂的农药浓度以最大限度对水，临近失效期的农药以最低限度对水。浓度不要过大，如昔力克、乙磷铝等浓度大效果反而差，既浪费药剂，又易烧伤植株。另外，要把农药含有效成分的型号认准，勿把含有效成分80％的农药，误按40％的浓度配制溶液而喷洒，也不要把含量5%。农药当作含量50％的对水施用。农药以单一品种施用较为适宜，可混用的农药用量减半，且以内吸性和触杀性混用为好。
五、按温湿度大小适时施药
保护地内温度高低悬殊，湿度大。施药时，温度掌握在20℃左右，叶片无露水时进行，药液易着叶片，水分迅速蒸发后，药液形成药膜，治病效果好，维持时间长。梅雨、连阴天或刚浇水后，勿在下午或傍晚喷雾。因此时作物叶子吐水多，吐水占露水75％左右，易冲洗药液而失效，有些种植户黄刺梅的栽培技术可以使用粉尘剂或烟雾剂。高温季节（温度超过30℃）不用药，否则叶片易受害老化。温高、干燥、苗弱用药浓度宜低。一般感病或发生病害，应连喷2次，间隔6~7天，阴雨天只要室温在20℃以上，就可喷雾防治。喷雾后，结合施粉尘剂效果更好。一般喷雾以叶背面着药为重，钙化老叶少喷，以保护中小新叶为主。喷雾量以叶面着药为准，勿过量而使叶上流液，既浪费药，效果又差。个别株感病以涂抹病处为宜。病害严重时，以喷熏结合为适（先喷雾，再喷施粉尘剂或燃放烟雾剂）。防病管理中，以降湿排湿为主，尽量减少喷药用量和次数，既达到控制保护地内病虫害的发生和危害，又能节约用药量，生产出无公害辣椒产品。
