甘薯窖温度管理可分前、中、后三期进行。
1、前期：入窖20～30天为前期。此期有加温设备的大屋窖、小屋窖、大窑窖以及棚窖均可采用高温处理，以防止黑斑病及软腐病的危害。据调查，经高温处理的薯块，贮藏65天后黑斑病的发病率只有1.3%，而未经高温处理的发病率为73.6%，高温处理的防病效果达90%以上。已发病的薯块高温处理后病斑逐渐萎缩，有些病斑脱落，产生木栓组织。此外，高温处理对软腐病也有较好的防病效果。据调查，高温处理的薯块完好率为90%，未经处理的大部分发生软腐病。高温处理分3个阶段，即升温、保温、降温。在升温阶段，从烧火加温到薯堆温度达到35摄氏度需1～2天。加温要猛，温度上升要快，待气温上升到36摄氏度时停火，使温度逐渐达到上下一致，最后使温度稳定在35～37摄氏度。加温期温度上升快，薯块呼吸作用旺盛，每隔1小时测量1次薯窖各部位的温度。第二段为保温阶段，使35～37摄氏度的温度保持4昼夜。如温度下降到35摄氏度以下，可烧小火提温。第三个阶段为降温阶段，当高温保持4昼夜后，应打开全部门窗散热，降温要快，1～2天以内窖温降至15摄氏度左右，以后即进入常温管理。无加温设备的井窖、棚窖及其他窖型，甘薯入窖后可利用薯块呼吸时放出的热量进行伤口愈合，使窖温保持在15～18摄氏度。但要注意高温期不能保持过长，一般5～7天即可，时间过长容易发生病害，并注意不要使温度上升到20摄氏度以上。
2、中期：入窖1个月至次年立春为中期。这个时期主要做好防寒保温工作。不管哪一种贮藏方法，窖温都应保持在10～13摄氏度。如窖温降低在10摄氏度以下，就应采取措施加温。大屋窖可适当加温或窖中生煤火。棚窖、井窖应检查窖口是否封严，并将窖口覆盖物加厚。棚窖也可在窖内生火升高温度，或在薯堆加盖干草。总之，中期以保温为主，注意窖温稳定，避免波动太大。
3、后期：立春以后为后期。此时气温逐渐回升，但窖温仍应维持在10～13摄氏度。晴天可适当打开窖门通风换气。为了准确地了解窖温变化，每个薯窖中都应安放温度计。入窖后初期温度变化大，应每天观察1次，中后期2～3天观察1次。高温与低温都会发生烂窖，但高温、低温所引起的烂窖现象有明显的区别，因而正确地判断高温和低温烂窖是十分必要的。高温是指在高温处理后窖温仍在18摄氏度以上。如果窖温在20摄氏度以上而时间又长，湿度又较大，就容易引黑斑病及软腐病迅速发展，以致造成烂窖。黑斑病的发病期大多在入窖初期。高温也使软腐病发生，湿度越大，软腐病发生越快。高温的另一个特征是部分薯块有萌芽现象。薯窖温度在7摄氏度以下就是低温。低温可使薯块受冷而引起冷害，其发生时间多在1～2月。在7摄氏度薯块可受轻微冷害，从受冷到发生腐烂要1个月左右；3～5摄氏度时2～5天即受冷害，从薯块受冷到发生腐烂要20～30天；l～2摄氏度低温l～2天即发生冷害，从受冷到发生腐烂需10～15天。冷害发生后先是薯块断面汁液减少，继而有黑点出现(群众叫花心)。冷害发生过程比较缓慢，如果入窖后短期发烂窖，是收获时受冻或水涝造成。开春后腐烂多半是入窖后冻害引起的，贮藏期冷害多发生在薯堆表面、窖门附近、通气洞处。
