芹菜菌核病主要危害芹菜茎、叶，受害部初呈褐色水浸状，湿度大时呈软腐状，表面生出白色菌丝，后形成黑色鼠粪状菌核。病菌以菌核在土壤中或种子上越冬，第二年在适宜条件下产生孢子，借风、雨传播。该病在低温潮湿的环境下易发生。
早春多雨天气，保护地内提倡每亩使用４５％乙熏灵２５０克或５０％百菌清粉尘剂１０００克防治，每周一次，连续２～３次。还可选用５０％速克灵可湿性粉剂１０００～１２００倍液、５０％农利灵可湿性粉剂１０００倍液、４０％施佳乐悬浮剂８００倍液、６５％腐霉灵可湿性粉剂６００～８００倍液、４０％嘧霉胺可湿性粉剂６００倍液、４０％菌核净可湿性粉剂５００倍液、５０％苯菌灵粉剂１５００倍液、５０％扑海因可湿性粉剂６００～８００倍液喷雾防治，７～１０天用药一次，连续３～４次。
