叶锈病菌越夏和越冬的地区都较广，在我国大部分麦区，小麦收获后，病菌转移到自生麦苗上越夏，冬麦秋播出土后，病菌又从自生麦苗上转移到秋苗上危害、越冬。
叶锈病菌除典型的从气孔侵入外，最近观察到菌丝直接侵入寄主细胞的过程。菌丝先在叶片表面延伸，在较疏松的组织或叶脉处形成稍膨大的压力胞，直接侵入寄主组织。病菌侵入后，形成夏袍子堆和夏孢子，进行再侵染。一般10℃是叶锈菌能否侵入的临界温度，常年春季到达这一温度的一旬及其前后各一旬的这一月为临界时期。临界时期温度回升早晚和雨量多少，是叶锈病本地菌源能否引起流行的决定因素。温度回升早且有雨露配合，叶锈病则提早发展，发病较重。小麦生长中后期，以湿度对病害的影响较大，小麦抽穗前后，如降雨次数多，病害即可流行。此外，除了本地菌源可引起病害流行外，如有大量外来菌源，病害也可能流行。
