蔬菜温室大棚种植是一种受人为因素作用十分强烈的土地利用方式，随种植年限增加，保护地土壤有机质、全氮、速效氮磷钾、酸碱度、盐分及生物活性等理化和生物性质等与露天菜地和大田相比均发生了明显变化，对土壤质量、作物生长及人类健康造成不良影响。为了保证高产、优质、高效的蔬菜生产，研究保护地土壤肥力及障碍因素具有重要的理论和实践意义。
第一是要重视应用生物菌肥。一般土壤耕层每亩配合全钾、全磷分别达180和120公斤以上，但80—90%作物不能直接吸收利用。施用复合生长肥，可以加速土壤有机残体和难溶性磷、钾和其它矿物养分的分解转化。增施生物菌肥，特别是较好的生物菌肥(如金宝贝生物菌肥)适当减少化肥，更是生产无公害绿色食品的必然选择。而新建大棚土壤熟化尤其配合多施生物肥，各地的实践证明：施优质有机生物肥7.5—10公斤，蔬菜作物植株健壮、坐瓜多、瓜条长，采摘期延长，一次施用，全生育期受益，效果奇特。
第二是要增施腐熟的有机肥。这是增肥地力的基础，因为有机肥是一种完全肥料，在蔬菜温室大棚蔬菜生产中，它不仅能供给作物生育所必须的各种营养成分，而且对农业持续高产，活化土壤养分，改良土壤都有主要作用。但有机肥须经充分腐熟(建议用金宝贝发酵剂来发酵处理有机粪肥)，否则会对蔬菜产生不利影响。
第三是要广泛施用腐熟人粪尿。氮是作物生长的基本元素，对花芽分化，瓜条充实都起着重要作用。人粪尿(须经金宝贝发酵剂充分腐熟)养分全，氮素丰富，各家各户都有，作物生长期广泛施用腐熟人粪尿并结合浇水，效果很好。
最后，施肥一定要合理。
从施肥量上看，要确定底肥施用数量，必须考虑土壤肥力高低，在有机质低于1.5%的土壤应亩施用有机肥(以鸡粪为例)3000公斤以上。当土壤中速效氮、磷、钾及微量元素较低时，就应首先选择底施这些肥料。有条件的地方，各种肥料作底肥的具体用量可根据土壤化验结果确定，一般高肥力土壤上氮肥总用量的30%底施，中、低肥力土壤则有50%~70%的氮肥作为底肥，磷、钾肥70%作为底肥，生物肥和微肥尽可能一次全部底施。
从肥料品种上看，氮肥中的碳铵、尿素，磷肥中的过磷酸钙、钙镁磷肥、二铵，钾肥中硫酸钾、草木灰，微肥中的锌肥、锰肥、硼肥等，都适宜作底肥。
从施肥方式上讲，一般底肥应施到整个耕层之内，即15~30厘米的深度。对于有机肥、氮肥、钾肥等，可以混合后均匀地撒在地表，随即耕翻入土，做到肥料与全耕层土壤均匀混合，以利于蔬菜作物不同根系层对养分的吸收利用。
