一、根马蹄的根为须根系，须根发生于短缩肉质茎基部，细长，白色，后转为褐色，无根毛，入土深20~30厘米。
二、茎马蹄的茎有肉质茎、叶状茎、匍匐茎和球茎4种。1、肉质茎：位于球茎萌发后发生的发芽茎和匍匐茎的先端，在生长期间为短小而不明显的短缩茎。其顶茎及侧芽向地上抽生叶状茎，基部的侧芽向土中抽生匍匐茎。2、叶状茎：绿色，细长管状，高约60~100厘米，粗约0.5厘米，中空，内具多数白色横隔膜，隔膜中有筛孔，以通空气。叶状茎直立性强，丛生;初为淡橙黄色，无叶绿素或仅含少量叶绿素，见光后逐渐变绿色，随着叶绿素含量的增加，茎色加深，代替叶片进行光合作用，是荸荠唯一的光合作用器官。3、匍匐茎：肉质茎基部侧芽向土中抽生的茎为匍匐茎，乳白色或淡黄色，组织疏松，长10至15厘米，直径0.4厘米。在开花前的高温长日照下，匍匐茎横行土中生长，先端的肉质茎向上抽生叶状茎，向下生根，成为独立的分株。分株又可抽生匍匐，再生分株。这类匍匐茎一般为分株型匍匐茎。另一类匍匐茎一般发生于生长的中后期，其顶端几节在较低的温度和短日条件下可膨大成球茎。4、球茎：球茎由八节组成，基部五节膨大成扁圆形，节上有鳞片叶，最上部三节的鳞片叶将芽包成尖嘴状。一般顶芽先萌发，如顶芽受损时，侧芽亦可萌发为发芽茎。三、叶马蹄叶片着生于叶状茎基部，环生，并退化呈膜状，形成叶鞘，不含叶绿素，包被主侧芽。
四、花马蹄生长后期，在结荠的同时，地上部顶芽可抽生形如叶状茎的花茎，顶端着生穗状花序。小花呈螺旋状贴生，外包有萼片，内有雌蕊1个，子房上位，柱头3裂，雄蕊3个。五、果实、种子马蹄每个小花结果实1个，果实近圆球形，小，果皮革质，灰褐色，内有种子1粒，不易发芽。
