一、春季育苗法春季马蹄育苗一般于4月上旬至下旬育苗。当时正值气温较低，出苗慢，应在栽植前40～50天催芽育苗。马蹄种荠于3月下旬从田里挖出，选择无病虫、不腐烂的球茎作种荠，于室内进行催芽。马蹄室内催芽是先用席围好一圈，内铺湿稻草，将种荠顶向上排列，交叉叠放两层，上用稻草覆盖，每天浇水保湿。15天后开始发芽生长，45天左右，顶芽长15厘米并有3～4个侧芽萌发即可定植。或者将已催好芽的种荠先排在秧田里，株行距为15～20厘米和20～25厘米，栽植深度以将根系栽入泥中为度，以促进匍匐茎生长和分枝形成，在适宜季节或前茬出地后挖取分株苗定植。一般每亩秧田可供栽大田20亩，每亩大田需用马蹄种15～20千克。
二、夏季育苗法一般于6月下旬至7月上旬育苗，这时气温高，催芽育苗25～30天即可定植。马蹄种荠于3月下旬从田里挖出并进行堆藏或窖藏，到6月下旬取出时大部分种荠已萌芽并干瘪，因此要先将顶芽摘去0.5厘米左右以促侧芽萌发，后浸种1~2天，待种荠浸胖、发芽后播于秧田。马蹄秧田应选择排灌方便，床面平整，泥烂的田块，宽1.3米左右。床底应先铺0.5～1厘米厚的砻糠灰或河泥，然后将已发芽的马蹄种荠一个靠一个依次排列并埋入其中，排好后晾晒半天，使土表干燥结皮。然后再浇河泥浆，将露出的种荠盖没。上铺稻草遮阴，有条件者可搭凉棚遮阴。早晚揭帘炼苗。10～15天后，当叶状茎长到10厘米，并已萌发新根时，不再遮阴。当叶状茎长到30厘米左右时定植大田。夏季育苗因种荠贮藏期长，损失养分多、苗弱，故定植密植，每亩大田需用种荠75~100千克。
