苹果轮纹病既侵染枝干，又侵染果实，而就其损失而言重点是果实受害，但枝干发病与果实发病有极为密切的关系，在防治中要兼顾枝干轮纹病的防治。
(1)及时治疗病斑。轮纹病菌初侵染来源于枝干病瘤。清除病瘤是一个重要的防治措施。果树休眠期要喷涂杀菌剂，如托布津油，70%甲基托布津可湿性粉剂1份+植物油10～12份。生长季节5～7月对病树可施行“重刮皮”，除掉病组织。刮掉的树皮都要集中烧毁或深埋。同时，休眠期或生长期用35%轮纹病铲除剂100～200倍稀释液涂刷病斑2～3次，也可治愈病斑。
(2)喷药保护。一般从5月下旬开始喷第一次药，以后结合防治其他病害，共喷3～5次。保护果实的药剂，以耐雨水冲刷力强的波尔多液为好(1:2:240)。此外，25%灭菌丹可湿性粉剂250倍稀释液，50%退菌特可湿性粉剂800倍稀释液，50%多菌灵可湿性粉剂1000倍稀释液，50%甲基托布津可湿性粉剂800倍稀释液、大生M-45可湿性粉剂800～1000倍稀释液、35%轮纹病铲除剂100～200倍稀释液、70%甲基托布津可湿性粉剂1000～1200倍稀释液等均有较好的防治效果，但最好加入黏着剂，以提高药液的黏着性。在实际防治中，最好有两种以上的药剂交替使用，以提高药效。
