1、选用抗病品种应用抗病品种是防治玉米丝黑穗病的有效途径，应因地制宜选用抗病品种，尽快淘汰感病品种。
2、加强栽培管理轮作，根据各地病情合理安排轮作，病重地块实行与非玉米或高粱作物3年以上轮作。调整播期，根据地势、土质、墒情、品种生育期和抗病性，结合茬口和地块发病轻重，因地制宜灵活掌握播种期。避免不适宜的早播。提高播种质量，选用籽粒饱满、发芽势强的优良种子，提高抗病性。土壤要深翻、耙压连续作业，贮水保墒提高地温。播种要深浅一致，覆土厚薄适宜。采取一切措施快出苗、出好苗，缩短种子在土壤中的滞留时间，减少病菌侵染的机率。禁用带病秸秆或“乌米”喂牲畜和积肥。施用含有病植株残体的厩肥或堆肥要充分腐熟。
3、拔除病株减少菌量，根据苗期的发病症状，结合定苗和田间除草及时铲除病苗或可疑病株。在植株病症显现后，病穗未开裂散出冬孢子之前，及时铲除病株或病穗，并携出田外集中掩埋。切忌让病菌散落于田间增加田间菌量，造成第二年病害严重发生。
4、药剂处理用三唑类杀菌剂拌种防治玉米丝黑穗病效果好，大面积防效可稳定在60%—70%。常用药剂有：17%三唑醇（羟锈宁）拌种剂或25%三唑酮（粉锈宁）可湿性粉剂按种子量的0.3%拌种。12.5%氰菌唑乳油100毫升加水8升混合均匀后拌种子100公斤，稍加风干后即可播种。12.5%速保利可湿性粉剂按种子量的0.3%拌种，风干后播种。2%立克秀粉剂2克加水1升混合均匀后拌种子10公斤，风干后播种。在使用时不得任意加大药量，以免造成药害。
