冬瓜种子由于种皮厚、富含角质层，同时组织较松，不易下沉吸水，所以发芽的时间很慢，需要对冬瓜种子进行催芽，具体的催芽方法如下。
瓜籽磕开。催芽前，先把瓜籽磕开(裂缝)，注意别破坏生长点，放在消过毒的毛巾里，保持适当的水分，不用浸种，在30℃的恒温下，4天基本发芽，而且比较整齐。
开水烫种。播种前先用冷水泡半小时，洗净搓掉粘液，再倒入60～70℃的热水，随倒随搅拌，待水温降至35℃时停止搅拌，放在25～28℃的地方，泡20～30小时。然后捞出晾干，用棕皮包好，置于26～30℃处催芽。一周左右出芽，即可播种。
让种子吃足水分。在发芽时，强烈呼吸的情况下，排出的二氧化碳聚积在种子堆内，也会引起种子室息中毒，甚至造成“沤种”现象，所以促使种子快速发芽尤其重要。在浸种时需要将种子压入水中30℃的水温下浸泡12～16小时，使种子吃足水。
进行冬瓜种子催芽时还需要提供适宜的通气和温度条件。浸种后需将种子反搓洗冲净种子表面的黏液，将种子表面的水分清除后再进催芽。催芽期间种子不要摊得太厚，必须把环境温度控制30~35℃之间。每次淘洗种子后，都要去掉表面的多余水分，使种子能离散为好。
