（一）室内储藏
1、晾晒消毒。在鲜芋收获后严格选种的基础上，进行晾晒消毒。秋季收挖的种芋，晾晒时间要长，一般应晾晒7——10天，待种芋失水10%以上，表皮干燥后再行储藏。储藏前将种芋的种芽向上摊开，用200——300ppm的农用链霉素或25%多菌灵500——800倍液均匀喷雾，并保证种芋每个部位都喷上药液，喷雾后再晾晒2——3天即可入室储藏。
2、竹笆楼烟熏法：在农户的竹笆楼上，先铺上两寸厚的干草，再堆放4——5层魔芋种。魔芋的芽眼一定要向上，其上再放一层保温材料，主要是利用做饭烧柴禾的烟子对种芋进行烟熏。经过一个冬天的烟熏使种芋表皮失水形成硬层，不利病菌侵染。此法储藏的种芋在播种前要先用清水浸泡24小时，待种芋吸足水分，表皮不发硬后，再进行种芋处理和播种。此法适合小面积种植农户使用。
3、土窖储藏法：农户在室内或室外开挖的用于储放洋芋或红苕的土窖，以平窖为好，将经过晾晒消毒处理的种芋，沿窖两侧堆放，中间留出走道便于检查，室外窖在种芋放好后，窖口用作物秸秆封严上门加锁。
4、土仓储藏法：冬春季节有长期室内生火取暖习惯的农户，在背离火炉的屋角砌一土仓，将锯未，或谷壳、或碎草堆于其内，厚约15厘米，将种芋密排其上，排一层加盖一层锯末，交错叠放3-5层后盖草保温，每周检查一次。
（二）室外储藏
1、对于大田收挖后选出的小芋和芋鞭，在室内储藏费时费力且容易造成病害相互传染，可选疏林林下开沟排种，沟深5寸以上，每2——3条沟起垄覆土，条件许可也可加盖地膜保温，来年春季开挖经处理后播种。
2、对于种芋繁育基地主要为来年生产培育种芋，当年不需要收挖，可清理垄沟做好垄面培土，堵住叶柄倒苗后留下的孔洞，直接在大田越冬。根据不同海拔高度在应用时要有所区别：海拔800米以下地区，冬季土壤冻土层较薄，只要使种芋上覆土10厘米以上，垄面盖土压实，垄沟排水通畅即可。海拔800——950米地区，冬季气温相对较低，可在起垄覆土的基础上，再覆盖一层玉米秸秆越冬，用于间套遮荫的玉米秸秆可就地进行越冬覆盖，省时省工效果好。海拔950米以上地区，冬季寒冷土壤冻土层较厚，可在起垄覆土的基础上，再加盖一层农膜或地膜，以提高地温，保证种芋正常越冬。
