棉花黄萎病病菌主要以微菌核在土壤中越冬，也能在棉籽内外、病残体、带菌棉籽壳、棉籽饼中越冬，通过带菌的棉籽、棉籽饼、棉籽壳、病残体、土壤、肥料、流水和农田管理工具等途径传播蔓延，带病种子是远距离传病和病区迅速扩大的重要途径。棉花黄萎病是危害棉株维管束的病害，也是一种土传病害。该病发病的最适宜温度在22℃-25℃。20℃以下和30℃以上时症状就隐蔽。如遇到多雨年份，湿度过高而温度偏低，则黄萎病发展尤为迅速，病株率可成倍增大。长期连作棉田、灌溉不不当、排水不良、管理粗放，地势低洼、施肥不合理的棉田发病重。主要有以下3种症状。
棉花黄萎病症状之一——黄斑性。黄斑性黄萎病多在现蕾期表现出，病株由下部叶片开始发病，逐渐向上发展，叶缘与叶脉间出现退绿状的斑块，叶片挺而不萎。斑块逐渐扩大后，叶肉变厚发脆，叶片出现掌状斑纹，似“西瓜皮状”。
棉花黄萎病症状之二——叶枯型。棉花叶枯型黄萎病的叶片表现为局部枯斑或掌状枯斑，叶片枯死后即脱落，但一般不形成光杆。
棉花黄萎病症状之三———萎蔫病。棉花在结铃期，每逢大雨过后，可出现一种急性黄萎，叶片主脉间产生水浸状淡绿色斑块，叶片很快萎蔫下垂。花铃期的雨后出现的棉花顶部耷拉头的现象主要为该种类型。
