1、病毒病。苦瓜被蓟马、蚜虫、飞虱等刺吸式携带病毒的害虫吸食后容易感染病毒病，病毒病种类很多，有些是多种蔬菜可以感染同一种病毒，而且病毒可以通过农事操作的枝叶摩擦传染。感染病毒病后苦瓜植株可能枯死。所以要防止这些虫类，主要使用啶虫脒类药剂加上抗毒剂香菇多糖或是寡糖·链蛋白再加上芸苔素内酯，一般一周用药一次。
2、线虫病。线虫危害多种蔬菜，主要危害苦瓜根系，具有口针，可以刺穿苦瓜根，然后让自己唾液进入根系，导致根系生瘤状物，生长不正常。根系瘤状物先是白色后是黑色，最后丧失吸收能力。没有营养水分吸收进去就会死苗。使用盈辉杀线剂或是淡紫拟青霉菌，也可以用阿维菌素与溴甲烷土壤消毒。
3、土传病害。主要的土传病害危害苦瓜造成死苗，常见的有根腐病、枯萎病、疫霉病，枯萎病全期发生，结果期受害最重，幼苗容易死亡。茎腐烂、维管束受损，会死苗。疫霉病根腐烂，皮和木质部分离，水浸状，最终死苗。根腐病受害根系腐烂，留下维管束，上部枯死。喷洒多菌灵风灭菌剂防治根腐病；灌淋50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液防治枯萎病；用72%克露可湿性粉剂500~800倍溶液防治疫霉病。
4、管理不当。有时土壤板结或是黏重，比较严重的话根系无法呼吸生长，有可能缺氧窒息腐烂掉，那么苗也会死。有时施肥不足，营养不良导致黄花死苗。施肥浓度太高，离根太近就会死苗。可以中耕，施肥保持距离，融水使用，降低浓度。
