农业防治措施：1.采用石灰、多菌灵等药剂对种植穴、进出病区的农用工具及土壤、灌溉水等进行严格消毒。2.加强种苗检疫管理。要购买经检疫合格且具有较强抗(耐)病品种的香蕉种苗进行种植。3.采用低压微喷灌技术，免耕或少耕，增施适量的施磷、钾肥和有机肥，加强香蕉植株抗病力。4.采用轮作和间作，轮作主要方式为水早轮作，间作主要有香蕉和大蒜、香蕉和韭菜两种方式。5.、及时清除病株并喷施清园防腐膜，补充营养同时消毒杀菌形成保护膜预防病菌侵染。
生物防治措施：1.利用荧光假单胞菌，可定植在香蕉根系中，诱导蕉株对枯萎病产生系统抗性。2.利用从土壤中分离到的枯草芽孢杆菌，可定植与蕉株体内，不仅可促进蕉株生长，也能很好的防治本病。3.从土壤中分离出的哈茨木霉可显著抑制香蕉枯萎病菌的菌丝生长，且同香蕉抗(耐)病品种种植相结合，可有效防治香蕉枯萎病。伯克霍尔德氏菌、链霉菌、非致病性尖孢镰刀菌、绿色木霉以及粘质沙雷菌等对香蕉枯萎病均有显著的抑制作用。
