病菌依靠菌核过冬，它散落在土壤中、病残体上或混在种子间。春季，在适宜的环境条件下产生子囊盘和子囊孢子，成为田间初侵染源。子囊孢子随风、雨传播，雨量是病害流行的主要因素。重迎茬或前茬向日葵，地势低洼，密度过大或长势过盛使田间郁闭的大豆田发病严重，7、8月份降雨多的年份发病重。
防治大豆菌核病要注意：
(1)精选种子，清除混杂在种子间的菌核。
(2)发病严重的地块，实行秋季深翻，将落入田间的菌核埋入土壤深层，促进病株残体尽早腐烂。
(3)与非寄生作物如禾本科作物轮作3年以上，尽量不与向日葵、油菜等十字花科蔬菜以及菜豆、绿豆、花生、胡萝卜连作。
(4)选择优良、早熟、抗病的品种。
(5)于发病初期及时叶面喷药。可用药剂包括50%腐霉利(速克灵)可湿剂1000倍液，40%菌核净1000倍药液，50%甲基托布津500倍液，40%纹枯可湿性粉剂800~1200倍液喷雾或隔7天再补喷1次。
