1、选用具抗性的小麦品种
抗性品种利用和合理布局是小麦赤霉病防控的基础。目前生产上虽无高抗赤霉病的小麦品种，但品种间抗性存在较大差异。在长江流域等小麦赤霉病常发区，选用宁麦13、扬麦21、镇麦188等中抗品种，避免跨区域种植来自淮北等麦区的感病品种，以降低病害流行风险。黄淮南片麦区避免种植高感赤霉病的小麦品种。
2、播期秸秆深耕和合理利用
秸秆还田粗放，可使大量未腐熟的秸秆残留在土壤表面，有利于赤霉病菌的生长繁殖。为了加快秸秆的腐熟和减少秸秆在土表残留。在小麦赤霉病发生和流行地区，实行秸秆深埋，通过土壤深翻将还田秸秆埋至20cm以下土层。耕翻后进行相应的镇压处理，加快秸秆的腐熟和减少病菌的生长。有条件的地区提倡秸秆资源化利用，减少病菌在田间的繁殖基质，压低菌量。
3、加强田间管理，减少田间湿度
长江中下游麦区做好小麦田间沟系配套工作，做到排灌畅通。其他麦区小麦后期雨后要做好田间排水工作，保持田间低湿。小麦生长中后期加强栽培管理，平衡施肥，增施磷、钾肥。控制中后期小麦群体数量，创造不利于病害流行的环境。
4、扬花期的合理用药
小麦赤霉病的防治需以预防为主。长江中下游、江淮、黄淮南部等赤霉病常发区，应于小麦齐穗至扬花初期主动喷药预防。生育期不一致及抽穗扬花期如遇到连阴雨、大面积结露和多雾天气，隔5-6天再次用药，确保药剂防治效果。黄淮中北部、华北南部偶发麦区，抽穗扬花期如天气条件适宜病害发生，也应立即进行药剂防治。
药剂品种可选用氰烯菌酯、戊唑醇、多菌灵等或相应的混配药剂等。药量须用足，氰烯菌酯的有效用量需达25克/亩，戊唑醇的有效用量需达12克/亩，多菌灵的有效用量需达50克/亩。施药后3-6小时内遇雨，雨后应及时补治。病菌已对多菌灵产生抗性的地区如江苏、安徽省淮南麦区等，应停止使用多菌灵等苯丙咪唑类药剂，改用氰烯菌酯、戊唑醇等进行防治。小麦穗期病虫害如白粉病、锈病和蚜虫等混合发生时，选用相应的杀菌剂、杀虫剂混和施用。
防治时应采用低容量弥雾和常量喷雾，电动喷雾器、手动喷雾器的用水量30升左右。
5、适时收获
小麦成熟后须及时收获、晾晒烘干，避免收获和储存过程中湿度过高，导致小麦赤霉病菌继续生长繁殖、产生毒素。
