干燥贮存香菇吸水性强，含水量高时容易氧化变质，也会发生霉变。因此，香菇必须干燥后（含水量在６％以下）才能进行贮存。贮存容器内必须放入适量的块石灰或干木炭等吸湿剂，以防反潮。
低温贮存香菇必须在低温通风处贮存，有条件的可把装香菇的容器密封后置于冰箱或冷库中贮存。
避光贮存光线中的红外线会使香菇升温，紫外线会引起光化作用，从而加速香菇变质。因此，必须避免在强光下贮存，同时也要避免用透光材料包装。
密封贮存氧化反应是香菇质变的必经过程，如果切断供氧则可抑制其氧化变质。可用铁罐、陶瓷缸等可密封的容器装贮香菇，容器应内衬食品袋。要尽量少开容器口，封口时要排出衬袋内的空气，有条件的可用抽氧充氮袋装贮。
单独贮存香菇具有极强的吸附性，必须单独贮存，即装贮香菇的容器不得混装其他物品，贮存香菇的库房不宜混贮其他物资。另外，不得用有气味挥发的容器或吸附有异味的容器装贮香菇。
