选优良种。色素辣椒种类繁多，但应选择品种耐寒、耐旱、耐贫瘠、抗病虫害、产量高的优良种，如贵州莲塘辣椒、云南玉溪辣椒等。
育好苗。苗期是色素辣椒生长发育的关键时期，应注意苗床的选址、土质、肥料、水分等环节。苗床应选取日照充足、排水良好的地方，设施尽量简单，土壤以疏松、肥沃、透气性好的为佳。肥料选用有机肥和复合肥，施肥量应适量。浇水要适量，避免积水。
保持温湿度适宜。色素辣椒生长适宜温度为20℃-30℃，相对湿度为60%-80%。应定时通风，避免过度湿度，防止病菌滋生。同时应注意保温，避免低温、寒害。
加强管理。在育苗期间应定时除草、除虫、防病，保证苗的健康成长。同时要注意定期翻动土壤，增加根系活力，提高苗木质量。
