苹果树三棱草的叶子呈箭头形状，叶片较小，通常只有1-2厘米长。叶子呈深绿色，叶面平滑，中脉明显，边缘有锯齿状的细齿。
苹果树三棱草的茎呈三棱形状，高度通常在10-30厘米之间，由于其名字中含有“三棱”，因此这也是它的特征之一。茎表面覆盖着细小的毛发，颜色为淡绿色或淡红色。
另外，苹果树三棱草的花朵呈现为黄色或白色，形状为小型的腺体花，通常会在夏季开花。花期持续时间较短，只有数周左右。
苹果树三棱草的根系生长较为发达，能够深入土壤中，从而保证其足够的营养和水分供给。同时，它还有一定的抗逆能力，在恶劣的环境中也能良好地生长。
